Očuvanje kulturnog naslijeđa: Muzej sustavno sabire građu iz Domovinskog rata, radi na njenom čuvanju, stručnom održavanju, sređivanju, konzerviranju te trajnom zaštićivanju i prezentaciji s ciljem očuvanja kulturnog naslijeđa za buduće generacije.
Istraživanje: Muzej se želi profilirati kao znanstveni centar u kojem će se istraživati povijest Domovinskog rata, ali i rata općenito kao jednog fenomena koji je, nažalost, konstanta svjetske povijesti.
Izrada i distribucija edukativnih materijala: Objavljivanje vlastitih publikacija, stručnih kataloga, kataloga izložbi, vodiča i stručno-znanstvenih izdanja o muzejskoj građi i dokumentaciji iz vremena Domovinskog rata. Izdavačku djelatnost prati vođenje kartoteke, fototeke i druge dokumentacije iz fundusa na području svog djelovanja, sustavno prikupljanje, čuvanje i obrađivanje knjižnog fonda potrebnog za stručni i znanstveni rad Muzeja i zainteresirane javnosti.
Edukacija: Kroz predavanja, radionice, druge obrazovne programe i organiziranje izložbi kako samostalno, tako i u suradnji s drugim muzejima i ustanovama u zemlji i inozemstvu, ostvaruje se njegovanje uspomene na pozitivne vrijednosti Domovinskog rata. Poseban naglasak stavljen je na edukaciju građana Splita, uže i šire okolice, djece, učenika te osoba treće životne dobi. Edukacija se ostvaruje u suradnji s odgojno-obrazovnim ustanovama (vrtićima, školama, fakultetima), te drugim ustanovama, udrugama i zainteresiranim pojedincima, a sve u skladu s Etičkim kodeksom za muzeje.
Podrška znanstvenicima i obiteljima branitelja: Pružati podršku znanstvenicima u proučavanju povijesti Domovinskog rata i pomagati obiteljima hrvatskih branitelja u očuvanju sjećanja na Domovinski rat kroz organiziranje događanja i pronalaženje informacija vezanih uz ratno razdoblje.
Promocija nacionalnog ponosa: Promicati ponos i poštovanje prema hrvatskim braniteljima te isticati njihovu ulogu u obrani domovine, posebno na lokalnoj razini.
Povezivanje zajednice: Služiti kao mjesto susreta i povezivanja za veterane, branitelje, obitelji hrvatskih žrtava i širu zajednicu kako bi se podijelila iskustva i osnažila solidarnost.
Promocija mira i tolerancije: Aktivno sudjelovati u promicanju vrijednosti mira, tolerancije i razumijevanja među ljudima različitih nacionalnosti i kultura, koristeći Domovinski rat kao primjer iz kojeg se može naučiti o važnosti izgradnje trajnog mira.
Kroz ove zadaće Muzej Domovinskog rata igra ključnu ulogu u čuvanju sjećanja na prošlost, educiranju javnosti te promicanju pozitivnih vrijednosti koje su proizašle iz iskustava tog vremena.